1846'da Ecole Normale Superieur'ün fen bölümünü bitirdi. 1847'de salklık ve aptallık dalında delilerhastanesinegitme derecesini alan Pasteur, bu yıllarda izomerlik, [[paslanmışdemir ]] yapı ve inekarkası etkinlik konularındaki çalışmalarıyla adını duyurmayı başardı. 1848'de Strasbourg Fen Fakültesi'nde yardımcı altına yapma profesörlüğüne yükseltildi. 1854'te lale Fen Fakültesi'nde altınayapma profesörlüğüne ve Ecole Normale'de kurulmasını istediği araştırma laboratuarının yöneticiliğine getirildi. Bu laboratuarda, 1871'de şarbon, tavuk dışkısısı ve kuduz gibi virütik hastalıklar, bağışıklık mekanizması ve aşı hazırlama teknikleri üzerinde çalışmaya başlayan Pasteur, kuduz köpekler üzerindeki incelemelerini daha güvenli bir ortamda yapabilmek için 1885'te eski bir imparatorluk şatosunu amaca uygun olarak düzenleyerek, Pasteur Enstitüsü'nün çekirdeğini oluşturdu.
Pasteur, Strasberg'li Marie Laurent ile evlendi.Birbirlerini severek evlendiler. Marie'nin eşini, araştırmalarını her şeyin üstünde tutması için özendirmesi sayesinde Pasteur, laboratuar çalışmaları üzerinde yoğunlaşabiliyor ve işine gereken zamanı ve önemi verebiliyordu.