Kornea nakli ameliyatı çoğunlukla lokal anestezi altında yapılır. Hasta uyutulmaz, yalnız gözü ve çevresi uyuşturulur. Çocuklarda, lokal anestezi ile duramayacak hastalarda veya cerrah tercihi ile genel anestezi altında yapılabilir.
Mikroskop altında, yuvarlak özel bir bıçak ile, hastanın bulanık korneasının merkezinden 7,5-8 mm çapında bir pencere çıkarılır ve ölüden alınan şeffaf kornea dokusu uygun boyutta kesilerek bu bölgeye dikilir. Eğer hastanın kataraktı varsa, kornea nakli sırasında kataraktı da alınabilir.
Kornea nakli, şeffaflığını yitirmiş ya da şekli bozulmuş kornea dokusunun çıkarılarak yerine ölüden alınan sağlıklı kornea dokusunun yerleştirilmesi ameliyatıdır. Göz nakli halk arasında yerleşmiş yanlış bir ifade olarak kornea nakli yerine kullanılmaktadır. Bugünkü tıbbın imkanları içinde gözde nakli yapılan kornea tabakasıdır. Göz küresinin nakli söz konusu değildir.